在试管婴儿的临床结局观察中，医生们意外地发现，冻胚移植周期，无论是卵裂期胚胎还是囊胚期胚胎，宫外孕率均低于刺激取卵周期的胚胎移植，分析原因其实是很有道理的，因为冻胚移植周期的内膜更接近生理状态，胚胎会乐于着床，而不至于误闯到输卵管里去。

受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，习称宫外孕。95%为输卵管妊娠，根据种植部位比较少见的为卵巢妊娠、腹腔妊娠、阔韧带妊娠及宫颈妊娠。典型临床表现为停经后腹痛与阴道流血。

在自然妊娠中异位妊娠发生率约为1%，试管婴儿周期的发生率2.1%~8.6%，约为自然妊娠的两倍。宫内外同时妊娠在自然受孕条件下很少发生，约为1/4 000~10 000妊娠，但在诱发排卵或体外受精（IVF）治疗中发生率要高得多，约为0.86%（20/2 322）。

试管婴儿技术导致异位妊娠风险增高的确切原因仍不清楚，原因可能包括：

（1）既往宫外孕病史：少了一侧输卵管，对侧输卵管功能不良，常常是试管婴儿治疗的原因。

（2）明显输卵管病变：盆腔感染、输卵管炎症及周围粘连、子宫内膜异位症等因素均可能导致输卵管结构和/或能的改变。

（3）既往有输卵管手术史：输卵管的整形、造口、粘连分离手术，均可影响输卵管的功能。
（4）影响输卵管蠕动：促排期造成的体内高雌激素、高孕激素的超内分泌环境，影响输卵管运送胚胎的蠕动功能。

（5）胚胎植入潜能改变：体外操作对胚胎的植入能力的改变，理论上是有可能的。滋养细胞的发育潜能可能受体外培养条件不同的影响，错误识别着床条件。

（6）子宫内膜接受性差或和胚胎不同步，胚胎不肯在子宫内膜腔着床等。

有研究发现，试管婴儿的冻胚移植周期，异位妊娠发生率显著低于新鲜移植周期，第3天卵裂期冻胚移植的宫外孕率1.17%，第5天囊胚期移植的宫外孕率在冻胚周期为2.63%，在新鲜周期为3.67%。

在各种胚胎解冻移植周期中，自然周期异位妊娠发生率最低为0.64%；激素替代周期为1.9%；微促排卵周期为0.95%。大多数学者认为激素刺激对子宫内膜容受性的影响将增加异位妊娠发生率。